Swoją karierę wojskową Józef Dowbor Muśnicki rozpoczął szybko. Już w wieku 19 lat studiował nauki wojskowe w szkole Wielkiego Księcia Konstantego w Petersburgu. Edukację kontynuował w Akademii Sztabu Generalnego w Petersburgu, gdzie dostał się po zdaniu egzaminów w 1899 roku. Aby móc studiować na tej uczelni symulował zmianę wyznania na protestanckie, ponieważ możliwość pobierania nauki dla katolików była niemożliwa.

Wieloletnia służba w państwie zaborczym spowodowała, że stał się legalistą i zwolennikiem cara, Mikołaja II. Na początku XX wieku mógł realizować się m.in. w sztabie Moskiewskiego Okręgu Wojskowego, jako szef sztabu korpusu Wojsk Nadgranicznych, a także w sztabie X Korpusu w Charkowie.

W czasie I wojny światowej nadal działał w armii rosyjskiej, walcząc na froncie z Niemcami i Austriakami. Wspominał po latach o swojej reakcji na wiadomość o jej wybuchu: - Niemców nie lubiłem, Austrię lekceważyłem. (…) Świadomość tego, że będzie można „poskubać” Niemców, podniecała mnie. Lubię wojnę nie dla przyjemności rozlewu krwi, ale z powodu niebezpiecznej pracy w atmosferze ciągłego napięcia.

Gdy w Rosji, w 1917 roku, wybuchła Rewolucja Lutowa oddał się do dyspozycji Naczelnego Polskiego Komitetu Wojskowego w Rosji. Ten mianował go w sierpniu 1917 roku dowódcą I Korpusu Polskiego w Rosji. Po wybuchu rewolucji październikowej generał popadł w konflikt z władzą radziecką, czego konsekwencją były walki z oddziałami rewolucyjnymi, w których odniósł kilka cennych zwycięstw. W połowie 1918 roku został jednak zmuszony do złożenia broni, po czym wrócił do Polski.

Herb rodziny Dowborów

Po odzyskaniu przez nią niepodległości w listopadzie 1918 roku doszło do spotkania gen. Józefa Dowbora Muśnickiego z Józefem Piłsudskim, jednak nie zaoferowano wówczas żadnego stanowiska generałowi, choć ten liczył na to, że obejmie stanowisko naczelnego wodza. Obaj, zdaniem historyków, mieli zgoła odmienne poglądy, co skutkowało narastającym konfliktem pomiędzy nimi. Józef Piłsudski zdawał sobie sprawę z dobrego wykształcenia, a także stopnia wojskowego Józefa Dowbora Muśnickiego i obawiał się o swoją pozycję.

5 stycznia 1918 roku doszło do nieudanego zamachu na Józefie Piłsudskim i choć gen. Józef Dowbor Muśnicki nie brał w nim udziału, to Naczelnik Państwa Polskiego postanowił odsunąć generała od Warszawy i wysłał go do Wielkopolski. 8 stycznia 1919 roku Józef Piłsudski mianował gen. Józefa Dowbora Muśnickiego głównodowodzącym wojsk w Wielkopolsce. Na tym stanowisku zastąpił mjr Stanisława Taczaka, a oficjalnie 16 stycznia objął dowodzenie w Powstaniu Wielkopolskim.

Podczas walk wykazał się jako dobry organizator, szybko zdobył uznanie Wielkopolan, choć początkowo jego nominacji nie oceniano pozytywnie. Podejmowane przez niego decyzje nie zawsze były jednak popularne. Był optymistycznie nastawiony do inicjatywy rozszerzenia walk powstańczych na teren Pomorza, co miało doprowadzić do opanowania Gdańska.

Szybko i systematycznie zwiększała się liczba żołnierzy armii wielkopolskiej, która w połowie stycznia 1919 roku wynosiła 15 tysięcy, kilka tygodni później już 27 tysięcy, a w czerwcu 1919 roku armię tworzyło już 104 tysiące żołnierzy. Józef Piłsudski pojął decyzję o połączeniu jej z armią polską, co miało miejsce w listopadzie 1919 roku. Generał Józef Dowbor Muśnicki przypuszczał, że Naczelny Wódz jemu powierzy dowództwo frontu zachodniego. Tak się jednak nie stało.

Po przejęciu armii wielkopolskiej otrzymał propozycję objęcia funkcji dowódcy frontu wielkopolskiego, lecz to stanowisko nie miało wielkiego znaczenia, a utworzona przez niego armia coraz częściej, co nie podobało się generałowi, brała udział w działaniach na wschodzie. Ostatecznie została zlikwidowana w marcu 1920 roku.

Dla gen. Józefa Dowbora Muśnickiego było to początek końca kariery wojskowej. Ubiegał się o przydział do tworzonej Armii Ochotniczej, ale bezskutecznie. Później odrzucił propozycję objęcia stanowiska ministra spraw wojskowych oraz dowództwa frontu południowego.